La diferencia principal es que la sociedad anónima, es una figura utilizada netamente para ejercer actividades comerciales, y la fundación de interés privado se utiliza más para protección del patrimonio.
La sociedad anónima está compuesta por acciones y accionistas; los dueños de las acciones serán por consiguiente los dueños de la sociedad anónima y los que disfruten de los bienes de dicha sociedad, mientras que en la fundación de interés privado existe el fundador y el beneficiario; en este caso el disfrute de los bienes de la fundación corresponderán al beneficiario de acuerdo a lo dispuesto en el acta fundacional por el fundador.